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肠道病毒（传染性肝炎、小儿麻痹病毒等）对氯消毒剂的耐受力较肠道致病菌强。据报道，如能保证游离余氯为0.5mg/L，接触时间为30～50分钟，亦可使肠道病毒死灭。因此，在怀疑水源可能受到肠道病毒污染时，可增加氯消毒剂量及接触时间，以保证饮用水的安全。
集中式给水管网末梢水的游离余氯，还可作为预示有无再次污染的信号，因此，水质标准对管网末梢水的游离余氯也作了相应规定。
实验证明，接触作用30分钟游离余氯在0.3mg/L以上时，对肠道致病菌（如伤寒、痢疾等），钩端螺旋体、布氏杆菌等均有杀灭作用。如果用氯胺消毒，化合余氯含量一般为游离余氯的2倍以上，且接触时间不应小于2小时。
